Jérôme Comte
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Département d'écologie et de génétique
Centre de limnologie et de biologie de l'évolution
Université d'Uppsala Norbyvägen 18 D
75236 Uppsala
Suède
T: +46 (0)18 471 2706
http://www.ebc.uu.se/limno/staff/Jerome_Comte/home.html
Stagiaire post-doctoral, Université d'Uppsala (Suède)
2004-2010, Doctorat en biologie, Université du Québec à Montréal (Québec, Canada). Supervision: Paul del Giorgio.
2001-2002, DEA en écologie des écosystèmes montagnards. Université de Grenoble 1/Université de Savoie (France).
Supervision: Isabelle Domaizon, Stéphan Jacquet et Dominique Fontvieille.
Après des décennies de recherches sur le métabolisme et la composition des communautés bactériennes aquatiques, il apparaît que ces communautés sont très sensibles et réactives aux changements des conditions environnementales. Les mécanismes qui sous-tendent ces réponses demeurent cependant méconnus. Comprendre les forces qui façonnent les communautés bactériennes est d'une importance majeure, car ces micro-organismes sont des acteurs clés du fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Dans le contexte actuel du changement global, il apparaît essentiel de comprendre et de prévoir la réponse des bactéries et de leur conséquences en termes du fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Mes intérêts de recherche visent principalement à tester des théories écologiques aux communautés bactériennes naturelles. En particulier, je suis intéressé à comprendre les mécanismes qui déterminent le type de réponse des communautés du bactérioplancton aux gradients environnementaux ainsi que leur biogéographie. À cet égard, mes recherches explorent la contribution que la composition des communautés bactériennes, la plasticité métabolique et la redondance fonctionnelle ont dans cette réponse et la façon dont la fonction est liée à la diversité et à la composition des communautés. Je suis également intéressé aux sources de dispersion des communautés bactériennes et leur impact sur la composition et fonction des communautés lacustres.
Mes études de doctorat à l'UQÀM (Québec, Canada) sous la direction de Paul del Giorgio, ont abordé l'un des principaux enjeux contemporains en écologie microbienne aquatique, à savoir les liens qui existent entre le fonctionnement de ces communautés et l'environnement, et comment ces liens peuvent être modulés par la composition de la communauté. J'ai exploré ces questions dans le concept de métacommunauté, en suivant les différentes successions bactériennes qui s’établissent le long des transitions et interfaces entre les habitats aquatiques dans un bassin versant. Les résultats ont montré que les relations entre la composition et la fonction des communautés bactériennes n‘apparaissent que d’une manière dynamique, ce qui contraste avec la vision classique déterministe des communautés bactériennes. Les résultats ont également démontré que la réponse des bactéries est principalement déterminée par des propriétés émergentes des communautés bactériennes telles que le niveau de la plasticité métabolique et la redondance fonctionnelle et que la composition des communautés joue toujours un rôle soit en déterminant le niveau de la plasticité et de redondance ou via un remplacement des phylotypes principaux qui sont intrinsèquement moins plastique face aux gradients environnementaux.
Mes travaux de recherche post-doctoraux au département de limnologie de l'Université d'Uppsala explorent plus particulièrement l'importance relative des sources de diversité et de la dispersion sur la composition et la fonction des communautés de bactérioplancton. Ce projet, co-dirigé par Silke Langenheder, Eva Lindström et Lars Tranvik, est destiné à accroître notre compréhension de la réponse bactérienne aux changements environnementaux et leurs conséquences en termes de fonctionnement de l'écosystème. En particulier, je suis intéressé par la contribution des apports de bactéries des sédiments et de l'air dans la réponse de la communauté pélagique de lacs le long de gradients salins. Pour tester cela, des communautés lacustres bactérienne qui diffèrent en termes de leur proximité face aux influences océaniques (c'est-à-dire gradient des côtes dans les lacs intérieurs) ont été exposées à différents gradients de conditions marines au cours d’expériences en laboratoire et in situ. Les principaux objectifs sont de: 1) déterminer si la composition des communautés bactériennes d'eau douce ont tendance à devenir semblables à la composition des assemblages marins ou des lacs salés; 2) déterminer les sources de bactéries marines potentiellement émergentes dans les systèmes d'eau douce après perturbation par la création de conditions marines; 3) déterminer la réponse métabolique et fonctionnelle des communautés bactériennes d'eau douce en réponse aux conditions marines.
Comte, J., and del Giorgio, P.A. Determining the role of community composition in the metabolic response of freshwater bacterioplankton communities to environmental gradients. The ISME Journal, submitted.
Maurice, C.F., Bouvier, T., Comte, J., Guillemette, F., and del Giorgio, P.A. (2010) Seasonal variations of phage life strategies and bacterial physiological states in three northern temperate lakes. Environmental microbiology, 12: 628-641.
Comte, J., and del Giorgio, P.A. Linking the patterns of change in composition and functional capacities in bacterioplankton successions along environmental gradients. Ecology, 91: 1466-1476.
Comte, J., and del Giorgio, P.A. (2009) Links between resources, C metabolism, and the major components of bacterioplankton community structure across a range of freshwater ecosystems. Environmental microbiology, 11: 1704-1716.
Comte, J., Domaizon, I., Fontvieille, D., Viboud, S., Paolini, G., and S. Jacquet. (2006) Microbial community structure and dynamics in the largest natural French lake (Lake Bourget). Microbial Ecology, 52: p72-89.